自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）则过着隐居

一团硕大无朋的高能离子云，在遥远而神秘的太空中迅疾地飘移。这团能量云具有无坚不摧的威力，足以毁灭宇宙间任何物质结构。在它所划过的轨迹上，早已有好几艘分属银河三大势力的星舰遇难了……\r\n地球-银河系

美国联邦调查局调查网路上一种智力游戏恐危及到整个城市，而这种智力游戏牵扯出更多的刑事主谋，为保护数众人的生命，必须揭露真正主谋拼与时间赛跑，即时给于罪犯一个毁灭性的打击。