为了守护世界的和平，黑衣人组织王牌探员H和新晋探员M这对全新搭档将联手抗敌。他们这次的对手十分危险，可以随意伪装成任何人的样子，甚至可以伪装成黑衣人探员。他们即将踏上一场环球追缉旅程，拯救黑衣人组织，

顾晓琴的工厂发生爆炸，一场大火夺取了车间99个人的生命，顾晓琴为救赎生命来到一片原始森林寻找“疯子”科学家发明的时间重启器，然而刚踏入丛林，野兽，陷阱，黑衣人的出现，让顾晓琴和队友接连死去。再次醒来的

影片故事发生在第一部的四年之后，邪恶的外星魔女来到地球寻找统治宇宙万物的关键外星人，但是只有K才知道关键外星人的藏匿处，J必须让K赶紧恢复记忆，继而两人一起阻止邪恶的外星魔女进行统治地球的故事。

阿明（李灿森 饰）、黑仔阿满（梁焯满 饰）、公子龙（张豪龙 饰）是居住在香港的三个小青年，他们穷困潦倒，一事无成，因举借高利贷无力偿还而被人当街追杀。走投无路之际，他们遇见一个神秘的黑衣人，黑衣人要他